衛生福利部於2015年6月8日預告「應建立食品追溯追蹤系統之食品業者」，規劃將7類大宗民生物資(包含黃豆、小麥、玉米、麵粉、澱粉、食鹽、糖)、2類茶葉產品(包含茶葉、包裝茶葉飲料)及黃豆製品等10類食品業者，估計約有1500家業者，自今(104)年7月31日起納入食品追溯追蹤制度管理。(法規預告連結：食安追追追，衛福部預告10大類食品業者自7月31日起實施食品追溯追蹤制度)
自2014年10月起，基改及非基改玉蜀黍、玉米粒、大豆、大豆粉等10項已列入中華民國輸出入貨品分類號列，有各自專屬貨號。
2015年2月5日，在《食品安全衛生管理法》修正通過一年後，包含「食用油脂業」、「肉類加工食品業」、「乳品加工食品業」、「水產品食品業」、「餐盒食品業」、「食品添加物業」、「基因改造食品原料輸入業」及「應標示基因改造食品」及「標示非基因改造食品」等9大類食品業者，須於每月10日前申報上一個月的食品追溯追蹤資訊至食品追溯追蹤管理資訊系統(非追不可)，並自今(104)年12月31日起分階段實施。
2015年5月20日，衛福部公告修正「包裝食品含基因改造食品原料標示應遵行事項」、「食品添加物含基因改造食品原料標示應遵行事項」及「散裝食品含基因改造食品原料標示應遵行事項」三項法規，散裝食品自2015年7月1日起分三階段實施，包裝食品與食品添加物則自2015年12月31日開始，這表示自2016年起將基改食品標示新制將全面落實。
因此在追溯追蹤管道已建立的情況下，散裝食品業者應儘早向上游進貨廠商詢問產品是否使用基改原料並要求提出相關證明，而政府更應配合加強末端基改成份檢驗執行工作，嚴格落實源頭控管與終端檢驗工作，讓消費者能重拾信心選擇自身認同的商品，才是此次基改食品法規新制成功落實的重要關鍵。
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